| mod ID | m5C_site_15669 | mod Site | chr16:28727049-28727050:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m5C | Sequence |
GACCAGGCAGAAAATGAGGGCGAGGACTCGGCTGTGTTGAT |
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| Motif Score | noScore | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((....((((........)))).)))). |
MFE | -5.40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE93749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSE93749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | Bisulfite-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000565932.5,ENST00000566866.5,ENST00000395587.5,ENST00000564243.5,ENST00000564839.1,ENST00000566519.1,ENST00000566501.5,ENST00000331666.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 28418038 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
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© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1