| mod ID | m5C_site_3605 | mod Site | chr1:154600411-154600412:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m5C | Sequence |
AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCATGAG |
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| Motif Score | noScore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..((.((((((....))))))...))..... |
MFE | -8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE133623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM3913397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | T24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | Bisulfite-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000647597.1,ENST00000648871.1,ENST00000648311.1,ENST00000647682.1,ENST00000368471.8,ENST00000649042.1,ENST00000649749.1,ENST00000649593.1,ENST00000463920.5,rmsk_271184,ENST00000648714.1,ENST00000529168.2,ENST00000368474.9,ENST00000649724.1,ENST00000649021.1,ENST00000649022.1,ENST00000648231.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | NA |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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