| mod ID | m5C_site_3776 | mod Site | chr1:155731182-155731183:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m5C | Sequence |
AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGG |
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| Motif Score | noScore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
...........(((.((((....)))).))) |
MFE | -3.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE133623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM3913397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | T24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | Bisulfite-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000490249.5,ENST00000368336.10,ENST00000462978.1,ENST00000463295.1,ENST00000471214.5,ENST00000343043.7,ENST00000535183.5,ENST00000471642.6,ENST00000477394.5,ENST00000497433.1,ENST00000475056.5,ENST00000479151.5,ENST00000421487.6,rmsk_273832,ENST00000497826.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | NA |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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