| mod ID | m5C_site_3812 | mod Site | chr1:155736096-155736097:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m5C | Sequence |
GATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGG |
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| Motif Score | noScore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
......((((((((.....)).))))))... |
MFE | -8.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE133623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM3913397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | T24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | Bisulfite-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000535183.5,ENST00000477394.5,ENST00000471642.6,ENST00000421487.6,ENST00000368336.10,ENST00000343043.7,ENST00000475056.5,ENST00000490249.5,ENST00000463295.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | NA |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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