| mod ID | m5C_site_40037 | mod Site | chr7:100200890-100200891:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m5C | Sequence |
CCCGAATTCACTTTCTTCAGCCGGGCGGACTTTGCCCGCAG |
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| Motif Score | noScore | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..................((((.....)))) |
MFE | -2.90 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE122254 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSE122254 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | testis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | Bisulfite-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000479359.1,ENST00000394018.6,ENST00000426455.5,ENST00000615138.4,ENST00000440830.5,ENST00000476057.1,ENST00000317296.9,ENST00000496157.5,ENST00000620100.4,ENST00000491498.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | NA |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
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© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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