| mod ID | m6A_site_121174 | mod Site | chr10:121479641-121479642:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GAAGGTTTCTGGAGCAGTGGACTGCCACAAGCCACCATGTA |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 4.06504166666667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....(((....((((....))))...))).. |
MFE | -7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 8 | Support sub-Dataset Num | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM3396437, GSM3396438, GSM3582048, GSM3582049, GSM928399, GSM928401, GSM1272360, GSM1272368, GSM1339393, GSM1339395, GSM1339407, GSM1339439, GSM1828596, GSM2417477, GSM2417478, GSM2417479 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, H1B, hNPCs, hESCs, fibroblasts, A549, HEK293A-TOA |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq,m6A-CLIP/IP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000478859.5,ENST00000358487.9,ENST00000604236.5,ENST00000369059.5,ENST00000369060.8,ENST00000613048.4,ENST00000356226.8,ENST00000638709.1,ENST00000369061.8,ENST00000357555.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_573544;rn6:m6A_site_8992 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1