| mod ID | m6A_site_129332 | mod Site | chr11:6610603-6610604:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TATCCTTGAGAAGATGCAGGACAAGTAGGACTGGAAGGTCC |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.........(.(((..(.....)..))).). |
MFE | -4.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 7 | Support sub-Dataset Num | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSE125240, GSE129842, GSM1339401, GSM1339429, GSM1908210, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203051, GSM2464917, GSM2464919 |
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| Cell/Tissue List |
liver, hESC-HEK293T, A549, MT4, MM6, Huh7, endometrial |
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| Seq Type List | m6A-REF-seq,MAZTER-seq,m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000526711.5,ENST00000532063.5,ENST00000528995.5,ENST00000396751.6,ENST00000530016.5,ENST00000526318.2,ENST00000537806.5,ENST00000420936.6,ENST00000299421.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_563462;rheMac8:m6A_site_18705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1