| mod ID | m6A_site_134085 | mod Site | chr11:18407397-18407398:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GCAGTAATATTTTAAGATGGACTGGGAAAAACATCAACTCC |
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| Motif Score | 4.06504166666667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..........((((............)))). |
MFE | -2.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE102493, GSE71154, GSE98623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2991416, GSM1828594, GSM1828596, GSM2602070, GSM2602071 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, CD8T, A549, AML | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,m6A-CLIP/IP,miCLIP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000227157.8,ENST00000540430.5,ENST00000545215.5,ENST00000379412.9,ENST00000396222.6,ENST00000430553.6,ENST00000538451.1,ENST00000422447.8,ENST00000375710.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29507755, 26404942, 28920958 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1