| mod ID | m6A_site_139794 | mod Site | chr11:47238837-47238838:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGAGCCAGGAGGAAGCCAGGACACGGAAGTGAGAGACACTA |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..((......))....(((....)))..... |
MFE | -2.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM3396437, GSM3396438, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339439, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2417478, GSM2417479 |
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| Cell/Tissue List |
HEK293T, A549, MM6, Huh7, peripheral-blood, HEK293A-TOA |
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| Seq Type List | MeRIP-seq,m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000612309.4,ENST00000614884.1,ENST00000617847.4,ENST00000378600.7,ENST00000617022.4,ENST00000616278.4,ENST00000378603.7,ENST00000256996.8,ENST00000378601.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1