| mod ID | m6A_site_14317 | mod Site | chr1:23967850-23967851:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CCCAGGGGAAAGACCTGGGAACTATTGTATTATTCTCTTGA |
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| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
((......))..................... |
MFE | -1.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE120229, GSE29714, GSE83438 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM3396437, GSM3396438, GSM928399, GSM928401, GSM2203060, GSM2203064 |
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| Cell/Tissue List | HEK293T, Huh7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000473858.5,ENST00000344989.10,ENST00000374453.7,rmsk_52317,ENST00000374452.9,ENST00000341154.10,ENST00000453840.7,ENST00000484146.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 22608085, 27773535 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1