| mod ID | m6A_site_145109 | mod Site | chr11:62888418-62888419:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GCGCTCCCTACTGCATGGGGACTTCCACGCGTTCTCCGCTG |
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| Motif Score | 4.06504166666667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
......(((.((((....)))).)))..... |
MFE | -5.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 8 | Support sub-Dataset Num | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2991399, GSM2991400, GSM928399, GSM908329, GSM908331, GSM908333, GSM908337, GSM1135020, GSM1135021, GSM1135032, GSM1135033, GSM1339395, GSM1339405, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339429, GSM1339439, GSM1982257, GSM2460350 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, HepG2, hESCs, fibroblasts, A549, iSLK |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000535296.5,ENST00000542922.5,ENST00000538682.5,ENST00000377890.6,ENST00000338663.11,ENST00000539507.1,ENST00000377889.6,ENST00000377891.6,ENST00000542793.1,ENST00000536981.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
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| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1