| mod ID | m6A_site_18006 | mod Site | chr1:28742658-28742659:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TTTCTTTCCCAGTGGGATTGACTTCTCAGCATGGGGAAATA |
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| Motif Score | 3.28175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..((((((((((......))))).).)))). |
MFE | -10.80 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 2 | Support sub-Dataset Num | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE125780, GSE71154 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM4024125, GSM4024128, GSM1828596 |
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| Cell/Tissue List | HEK293T, A549 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | DART-seq,m6A-CLIP/IP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000476976.1,ENST00000542507.5,ENST00000478283.5,ENST00000468863.1,ENST00000474884.5,ENST00000373812.8,ENST00000496288.5,ENST00000541996.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
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| PubMed ID | 31548708, 26404942 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1