| mod ID | m6A_site_202255 | mod Site | chr12:93572797-93572798:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
ATTTCGGACACCCCGCAGGGACTCGTTTTGGGATTCGCACT |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 4.06504166666667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
......((((.((.(...).)).)))).... |
MFE | -4.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 17 | Support sub-Dataset Num | 55 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991400, GSM2991403, GSM2987447, GSM2987448, GSM2987449, GSM3396437, GSM3582046, GSM3582047, GSM3582048, GSM3582049, GSM3582052, GSM3582053, GSM3582054, GSM928399, GSM1135020, GSM1135021, GSM1135032, GSM1135033, GSM1272360, GSM1272362, GSM1272364, GSM1272366, GSM1272368, GSM1339395, GSM1594131, GSM2010454, GSM2010456, GSM2283213, GSM2283215, GSM2332975, GSM2332977, GSM2332985, GSM2332986, GSM2332987, GSM2332988, GSM2332989, GSM2332990, GSM2417479, GSM2754244, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464923, GSM2564019, GSM2564022 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, HEK293T, A549, H1B, H1A, hESCs, GM12878, MM6, Jurkat, CD4T, GSC-11, HEK293A-TOA, MSC, endometrial, NB4 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000548537.1,ENST00000340600.6,ENST00000622746.4,ENST00000549122.5,ENST00000549206.5,ENST00000551556.2,ENST00000536696.6,ENST00000549887.1,ENST00000547229.1,ENST00000548091.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | rn6:m6A_site_90358 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1