| mod ID | m6A_site_235053 | mod Site | chr13:102837890-102837891:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TGATATAATGGACTTTGGGGACTCCTGAGGGCAGTCTGGGA |
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| Motif Score | 4.06504166666667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.......(((((((....)))))))...... |
MFE | -6.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 5 | Support sub-Dataset Num | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2991403, GSM3396437, GSM928399, GSM2417479, GSM2460352, GSM2460354, GSM2754238 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, HEK293A-TOA, MSC, iSLK |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000638434.1,ENST00000639118.1,ENST00000652006.1,ENST00000602836.2,ENST00000639132.1,ENST00000651228.1,ENST00000257336.6,ENST00000490317.1,ENST00000651808.1,ENST00000651855.1,ENST00000651008.1,ENST00000652084.1,ENST00000448849.3,rmsk_4100235,ENST00000651949.1,ENST00000652766.1,ENST00000651048.1,ENST00000652643.1,ENST00000639435.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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