| mod ID | m6A_site_239479 | mod Site | chr14:21508049-21508050:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GTTGCCCAGGCTGGTCTTGGACTCTTGGGCTCAAGCTATCC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 4.06504166666667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
(((((..((((...)))))))))........ |
MFE | -7.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE107954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM2884195, GSM2884199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | CD34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000543235.5,ENST00000377543.3,ENST00000537163.5,ENST00000536201.5,ENST00000367606.7,ENST00000538267.5,ENST00000298717.9,ENST00000544248.1,ENST00000542054.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 30065315 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1