| mod ID | m6A_site_240281 | mod Site | chr14:23061593-23061594:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TCACCGAGGCCTCTTGGTGGACCGTCCCTCTGAAACTAAGA |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
((((.....(((....)))..))))...... |
MFE | -5.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE102493, GSE110320, GSE74016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739522, GSM2739523, GSM2987448, GSM1908206, GSM1908208 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, HepG2, MT4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000357481.6,ENST00000262710.5,ENST00000457657.5,ENST00000397341.7,ENST00000557515.5,ENST00000605057.5,ENST00000338631.10,ENST00000555395.1,ENST00000473758.5,ENST00000555053.5,ENST00000555478.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | susScr11:m6A_site_125226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29507755, 3086759, 27572442 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1