| mod ID | m6A_site_254938 | mod Site | chr14:73292737-73292738:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CTGCTTCATGGCTGTCAAGGACACAGTGAGTCCAGCAAATA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.............((((.......))))... |
MFE | -4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 2 | Support sub-Dataset Num | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE107954, GSE129842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM2884199, GSE129842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | CD34, hESC-HEK293T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MAZTER-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000560335.5,ENST00000359560.7,ENST00000556989.1,ENST00000535282.5,ENST00000356296.8,ENST00000554546.5,ENST00000557597.5,ENST00000355058.7,ENST00000555738.6,ENST00000555238.5,ENST00000559312.5,ENST00000555394.5,ENST00000554315.5,ENST00000555307.5,ENST00000554521.6,ENST00000544991.7,ENST00000555859.5,ENST00000554394.5,ENST00000556772.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 30065315, 31257032 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1