| mod ID | m6A_site_272263 | mod Site | chr15:41285257-41285258:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
ATATCGGCCAGAGGAGAGGAACTAACCGAACATTCTTCCTC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.37338095238095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....((((....((......)).....)))) |
MFE | -2.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 17 | Support sub-Dataset Num | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2987449, GSM3396438, GSM3582046, GSM3582047, GSM3582048, GSM3582049, GSM3582052, GSM3582053, GSM3582054, GSM928399, GSM928401, GSM908337, GSM1135032, GSM1135033, GSM1272360, GSM1339393, GSM1339407, GSM1723349, GSM1723351, GSM1908206, GSM1908212, GSM1982257, GSM2010454, GSM2010456, GSM2283210, GSM2283211, GSM2283212, GSM2283213, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324298, GSM2417477, GSM2460347, GSM2460348, GSM2460350, GSM2460352, GSM2460354, GSM2460356, GSM2460360, GSM2754213, GSM2754214, GSM2754216, GSM2754220, GSM2754222, GSM2754224, GSM2754238, GSM2754240, GSM2754244, GSM2754248, GSM2464931 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HepG2, HEK293T, HeLa, A549, H1B, hNPCs, fibroblasts, LCLs, MT4, MM6, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, HEK293A-TOA, iSLK, MSC, TIME, TREX, HEC-1-A |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000649527.1,ENST00000558457.5,ENST00000561226.5,ENST00000560706.5,ENST00000501665.2,ENST00000500949.6,ENST00000557993.5,ENST00000559368.5,ENST00000558945.5,ENST00000560545.1,ENST00000561275.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1