| mod ID | m6A_site_293730 | mod Site | chr15:88904043-88904044:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GGGGAGAGAGCAAGACAAGGACTGCTCTGTCGGGAAGGCCT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 4.06504166666667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((((..........))))))........ |
MFE | -6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM3396438, GSM1166139, GSM1272360, GSM1272368, GSM1339395, GSM1339427, GSM2417477, GSM2417478, GSM2417479, GSM2460352, GSM2460360, GSM2754226 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HEK293T, U2OS, H1B, hESCs, A549, HEK293A-TOA, MSC, TREX |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MeRIP-seq,m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000566497.5,ENST00000613965.1,ENST00000560553.1,ENST00000558018.5,ENST00000542878.5,ENST00000617199.1,ENST00000558029.5,ENST00000268150.13,ENST00000268151.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1