| mod ID | m6A_site_304023 | mod Site | chr16:2972971-2972972:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CCTCCTCAGCCTGTTTGAGGACACCCTAGACCCAACCTGAG |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.......((((.(((....)))))))..... |
MFE | -3.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 13 | Support sub-Dataset Num | 31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739522, GSM2739523, GSM2991400, GSM2987447, GSE125240, GSM3582054, GSE129842, GSM908331, GSM1135020, GSM1135021, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2203051, GSM2324298, GSM2460345, GSM2460347, GSM2460348, GSM2460352, GSM2460356, GSM2460358, GSM2460360, GSM2460362, GSM2754211, GSM2754226, GSM2754235, GSM2754244, GSM2464905, GSM2464913, GSM2564022 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, brain, A549, hESC-HEK293T, MM6, Huh7, peripheral-blood, iSLK, MSC, TIME, TREX, endometrial |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,m6A-REF-seq,MeRIP-seq,MAZTER-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000573944.5,ENST00000575040.1,ENST00000574385.5,ENST00000262300.13,ENST00000575981.1,ENST00000574333.1,ENST00000574730.5,ENST00000574680.1,ENST00000440027.6,ENST00000431515.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_253860;susScr11:m6A_site_81181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1