| mod ID | m6A_site_307499 | mod Site | chr16:8930323-8930324:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
AATGTGGCCCTGAGTGATGGACACAACACCGCGGAGGAGGA |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..((.((.(((.((....)).))))).)).. |
MFE | -6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 4 | Support sub-Dataset Num | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2991403, GSM2884197, GSE129842, GSM1908206 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, CD34, hESC-HEK293T, MT4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MAZTER-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000542333.5,ENST00000563961.5,ENST00000381886.8,ENST00000566273.5,ENST00000569230.5,ENST00000344836.9,ENST00000566004.5,ENST00000564117.1,ENST00000566224.1,ENST00000565455.5,ENST00000563085.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
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| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1