| mod ID | m6A_site_321016 | mod Site | chr16:50751776-50751777:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGGGACACAATGCAGGTCGAACTTCCTCCTTTGGAAATAAA |
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| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..(((.(.(((........))).).)))... |
MFE | -4.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 11 | Support sub-Dataset Num | 24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739503, GSM2739506, GSM2739507, GSM2991403, GSM2884195, GSM2884197, GSM2884199, GSM3396437, GSM3396438, GSM928399, GSM928401, GSM1166141, GSM1339403, GSM1339405, GSM1339439, GSM1723347, GSM1723351, GSM2203060, GSM2417477, GSM2417479, GSM2460347, GSM2460352, GSM2460358, GSM2564019 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HEK293T, U2OS, fibroblasts, A549, LCLs, Huh7, HEK293A-TOA, iSLK, MSC, TIME, NB4 |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000398568.6,ENST00000563629.1,ENST00000569891.5,ENST00000427738.7,ENST00000311559.13,ENST00000568704.2,ENST00000566206.5,ENST00000569418.5,ENST00000564326.5,ENST00000566679.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_600227;panTro5:m6A_site_26096;susScr11:m6A_site_105263 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1