| mod ID | m6A_site_322709 | mod Site | chr16:57082481-57082482:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GAGCCAGGAGCCCAGGCTGGACTTTGCCTTCTTTGACAACC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 4.06504166666667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((...((((........)))).)))).. |
MFE | -6.30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 8 | Support sub-Dataset Num | 27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739506, GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM1594131, GSM1723349, GSM1723351, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2460360, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464921, GSM2464923, GSM2464931, GSM2564019 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, GM12878, LCLs, CD4T, peripheral-blood, TREX, endometrial, HEC-1-A, NB4 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000436936.5,ENST00000543103.1,ENST00000543049.1,ENST00000539144.5,ENST00000538453.5,ENST00000540182.5,ENST00000537056.5,ENST00000545081.5,ENST00000262510.10,ENST00000534927.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_601635;panTro5:m6A_site_26206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1