| mod ID | m6A_site_351033 | mod Site | chr17:17817844-17817845:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TGCTCATGGAGGGCGTGAAGACTGAGGTGGAGGACACACTG |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.......((.(........).))........ |
MFE | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 7 | Support sub-Dataset Num | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM908331, GSM1135020, GSM1135021, GSM1982257, GSM2283215, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2564019, GSM2564022 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, A549, CD4T, endometrial, NB4, MM6 |
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| Seq Type List | m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000487401.1,ENST00000395757.5,ENST00000580540.1,ENST00000583080.1,ENST00000395751.8,ENST00000469356.3,ENST00000261646.9,ENST00000395756.5,ENST00000355815.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1