| mod ID | m6A_site_364472 | mod Site | chr17:42818549-42818550:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CACTGAAAATGAGTGTCAGAACTACAAGTGAGTGTCTCCAG |
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| Motif Score | 3.37338095238095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....(((((......))).)).......... |
MFE | -1.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2987447, GSM1339393, GSM2283212, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464923, GSM2564019, GSM2564022 |
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| Cell/Tissue List |
HepG2, hNPCs, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, endometrial, NB4, MM6 |
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| Seq Type List | m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000589663.5,ENST00000589493.1,ENST00000617806.4,ENST00000438274.7,ENST00000543382.6,ENST00000361523.8,ENST00000586589.5,ENST00000590099.6,ENST00000593205.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_114468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1