| mod ID | m6A_site_364837 | mod Site | chr17:43045750-43045751:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GACCCGAGAGTGGGTGTTGGACAGTGTAGCACTCTACCAGT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
......((((((((.......)))))))).. |
MFE | -8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 21 | Support sub-Dataset Num | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM2987449, GSM3083810, GSM3396437, GSM3396438, GSM3582054, GSE129842, GSM1135032, GSM1135033, GSM1339395, GSM1339401, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339429, GSM1908206, GSM1982257, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2283212, GSM2283213, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2332975, GSM2332977, GSM2332978, GSM2332985, GSM2332986, GSM2332987, GSM2332988, GSM2332989, GSM2332990, GSM2417478, GSM2417479, GSM2460350, GSM2754216, GSM2464905, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464927, GSM2464931, GSM2483505, GSM2564019 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, HEK293T, A549, hESC-HEK293T, hESCs, MT4, MM6, Huh7, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, GSC-11, HEK293A-TOA, iSLK, endometrial, HEC-1-A, GSCs, NB4 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq,MAZTER-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000591849.5,ENST00000493795.5,ENST00000586385.5,ENST00000352993.7,ENST00000471181.7,ENST00000644379.1,ENST00000461221.5,ENST00000491747.6,ENST00000468300.5,ENST00000591534.5,ENST00000357654.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_114775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1