| mod ID | m6A_site_381853 | mod Site | chr17:75393560-75393561:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GCTGAGCTTCAAAAGGGGGGACATCCTCAAGGTAAGTGCTG |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.........(((((....)))))........ |
MFE | -5.30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE125240, GSE129842, GSE87190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSE125240, GSE129842, GSM2324298 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
liver, hESC-HEK293T, peripheral-blood |
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| Seq Type List | m6A-REF-seq,MAZTER-seq,m6A-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000648046.1,ENST00000578961.5,ENST00000392564.5,ENST00000577711.1,ENST00000583912.1,ENST00000316615.9,ENST00000316804.10,ENST00000392563.5,ENST00000392562.5,ENST00000582582.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 31281898, 31257032, 29249359 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1