| mod ID | m6A_site_381854 | mod Site | chr17:75393675-75393676:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGGTTGCTTCAGCAGGGAAGACTCCCTTCCCCCTGCTTCAG |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....(((..((((((.....)))))).))). |
MFE | -10.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 9 | Support sub-Dataset Num | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739503, GSM2739534, GSM2987447, GSM3083810, GSM3582053, GSM3582054, GSM1166139, GSM1908206, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324310, GSM2464911, GSM2464931, GSM2564019 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, A549, U2OS, MT4, peripheral-blood, endometrial, HEC-1-A, NB4 |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000316804.10,ENST00000583912.1,ENST00000392562.5,ENST00000582582.1,ENST00000577711.1,ENST00000392564.5,ENST00000648046.1,ENST00000578961.5,ENST00000316615.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | susScr11:m6A_site_20617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1