| mod ID | m6A_site_389535 | mod Site | chr17:81934971-81934972:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CTGCACGGAGGTGGAAGAGGACCTGATTGATGCCGTCACGG |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
(((((((........))))........))). |
MFE | -4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739522, GSM2739523, GSM2991399, GSM2991400, GSM2987447, GSM1135020, GSM1135021, GSM2010454, GSM2010456, GSM2332986, GSM2332988, GSM2332989, GSM2332990, GSM2464905, GSM2464913 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, MM6, HEK293T, endometrial |
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| Seq Type List | m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000405481.8,ENST00000403172.8,ENST00000329875.12,ENST00000577624.5,ENST00000582198.5,ENST00000579698.5,ENST00000584848.5,ENST00000402252.6,ENST00000619204.4,ENST00000585215.5,ENST00000337943.9,ENST00000577756.5,ENST00000629768.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | susScr11:m6A_site_18979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1