| mod ID | m6A_site_400748 | mod Site | chr18:47896714-47896715:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
ACGCCGCCAGTTGTGAAGAGACTGCTGGGATGGAAGAAGTC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.(((((.((......)).)))))........ |
MFE | -8.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 16 | Support sub-Dataset Num | 53 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739506, GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM2884197, GSM2884199, GSM2987447, GSM2987448, GSM2987449, GSM3083805, GSM3083809, GSM3582054, GSM908331, GSM1272360, GSM1272362, GSM1272364, GSM1272366, GSM1272368, GSM1339393, GSM1339405, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339439, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2203051, GSM2203056, GSM2203060, GSM2283212, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2332975, GSM2332990, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464931, GSM2564019 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HepG2, A549, H1B, H1A, hNPCs, fibroblasts, MM6, Huh7, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, GSC-11, HEK293T, endometrial, HEC-1-A, NB4 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000586040.5,ENST00000402690.6,ENST00000591214.5,ENST00000585978.1,ENST00000587269.5,ENST00000587421.5,ENST00000586514.5,ENST00000262160.11,ENST00000356825.8,ENST00000589877.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_298994;rheMac8:m6A_site_27588;susScr11:m6A_site_3323 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1