| mod ID | m6A_site_4254 | mod Site | chr1:6349816-6349817:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CCGGCAATGTCCACGGGGGGACCATCCTGAAGATGATCGAG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.62240476190476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
...((((......))))((((.....)))). |
MFE | -7.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 13 | Support sub-Dataset Num | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2987447, GSM2987449, GSM3083806, GSM3083809, GSM3083810, GSM3582054, GSM1135020, GSM1982257, GSM2283210, GSM2283211, GSM2283212, GSM2283213, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2332975, GSM2332977, GSM2332978, GSM2754211, GSM2754213, GSM2754214, GSM2754238, GSM2754244, GSM2464905, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464927, GSM2464931, GSM2483505, GSM2564019 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, A549, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, GSC-11, iSLK, MSC, endometrial, HEC-1-A, GSCs, NB4 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000608083.5,ENST00000418124.5,ENST00000473466.2,ENST00000377845.7,ENST00000377855.6,ENST00000377860.8,ENST00000377842.7,ENST00000361521.8,ENST00000545482.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_446428;susScr11:m6A_site_111962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1