| mod ID | m6A_site_433885 | mod Site | chr19:34400120-34400121:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CCGGCACTGCATGTTCCTGGACACCACCCAGAGCACCCTCT |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
......(((((.(((.......)))))))). |
MFE | -6.90 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE129842, GSE37002, GSE98623 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSE129842, GSM908331, GSM2602070, GSM2602072 |
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| Cell/Tissue List | hESC-HEK293T, HepG2, AML | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MAZTER-seq,m6A-seq,miCLIP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000592740.5,ENST00000415930.8,ENST00000647446.1,ENST00000586077.1,ENST00000586392.1,ENST00000586425.2,ENST00000644934.1,ENST00000643067.1,ENST00000356487.11,ENST00000588991.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 31257032, 22575960, 28920958 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1