| mod ID | m6A_site_44200 | mod Site | chr1:109911009-109911010:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGCCGACGCGCCCGGCCGGGACCCAGCTGCCCGTATGACCG |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..(((..((((.((...)).))))..))).. |
MFE | -8.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE87515, GSE87516, GSE94808 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2332975, GSM2332977, GSM2332978, GSM2332985, GSM2332986, GSM2332988, GSM2483505 |
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| Cell/Tissue List | GSC-11, HEK293T, GSCs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000420111.6,ENST00000525659.5,ENST00000488198.5,ENST00000357302.8,ENST00000369802.7,ENST00000329608.11,ENST00000527192.5,ENST00000369801.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_399183 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 28344040, 27773536, 28297667 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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