| mod ID | m6A_site_444073 | mod Site | chr19:45423786-45423787:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GCTGAAACCGTGAGGCCCGGACCACAGGTGCGGGAGGCGGA |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..((....))((((.(((...))).)))).. |
MFE | -12.90 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE102493, GSE55572, GSE93676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739523, GSM2739535, GSM1339429, GSM2754214 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | HeLa, A549, iSLK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000592905.5,ENST00000423698.6,ENST00000588300.1,ENST00000589214.1,ENST00000592083.5,ENST00000589165.5,ENST00000340192.11,ENST00000300853.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29507755, 24981863, 29109479 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1