| mod ID | m6A_site_469108 | mod Site | chr2:38591591-38591592:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CCCGTCGTCCATGTTCGAGGACTCTGTGAATCTGTGGTGGA |
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| Motif Score | 4.06504166666667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((........)))).............. |
MFE | -5.30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2987447, GSM2283210, GSM2283211, GSM2332977, GSM2332978, GSM2332985, GSM2332986, GSM2332988, GSM2332989, GSM2332990, GSM2564019, GSM2564022 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, Jurkat, GSC-11, HEK293T, NB4, MM6 |
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| Seq Type List | m6A-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000378915.7,ENST00000425682.1,ENST00000272249.7,ENST00000498516.1,ENST00000358367.8,ENST00000608859.5,ENST00000410076.5,ENST00000409636.5,ENST00000409328.5,ENST00000449105.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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