| mod ID | m6A_site_486682 | mod Site | chr2:101891301-101891302:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GAGTCTTCAAGATCCTGAGAACTTGGAATTCCTTGTAACTG |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
((((((.((....)).))))))......... |
MFE | -4.80 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 10 | Support sub-Dataset Num | 25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739503, GSM2739506, GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2991403, GSM3396437, GSM3396438, GSM928399, GSM908337, GSM1272358, GSM1272360, GSM1272364, GSM1272366, GSM1272368, GSM1339405, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339429, GSM2010454, GSM2283211, GSM2460354, GSM2460358, GSM2464917, GSM2464919 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, HepG2, H1A, H1B, fibroblasts, A549, MM6, Jurkat, MSC, TIME, endometrial |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000413150.6,ENST00000324219.8,ENST00000417294.5,ENST00000421882.5,ENST00000302217.9,ENST00000350878.8,ENST00000350198.8,ENST00000456652.5,ENST00000347699.8,ENST00000425019.5,ENST00000634702.1,ENST00000625522.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | panTro5:m6A_site_42268;rn6:m6A_site_103914;susScr11:m6A_site_83113 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1