| mod ID | m6A_site_489831 | mod Site | chr2:113236831-113236832:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGAAGAAGGGGGCGATGAGGACCTCTCCTGGGGAGATGAGG |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..(((..(.....)..)))((((...)))). |
MFE | -7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 2 | Support sub-Dataset Num | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE93676, GSE93911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2460358, GSM2460360, GSM2754222, GSM2754224, GSM2754244, GSM2754246, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464931 |
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| Cell/Tissue List |
TIME, TREX, MSC, endometrial, HEC-1-A |
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| Seq Type List | MeRIP-seq,m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000497038.6,ENST00000397647.7,ENST00000468980.3,ENST00000348715.9,ENST00000485840.1,ENST00000263335.11,ENST00000429538.8,ENST00000554352.1,ENST00000263334.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29109479, 30154548 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1