| mod ID | m6A_site_508932 | mod Site | chr2:209696341-209696342:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CGCTGACAGCCTCTGGGTGGACACTCAAGGTGTGCATTATT |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
(((.(((.(((((....)))))))))))... |
MFE | -8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE55572, GSE83438, GSE93676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM1339393, GSM1339403, GSM2203060, GSM2460348, GSM2460350 |
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| Cell/Tissue List | hNPCs, fibroblasts, Huh7, iSLK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000475600.5,ENST00000392194.5,ENST00000199940.10,ENST00000482864.5,ENST00000361559.8,ENST00000447185.5,ENST00000452717.1,ENST00000471619.5,ENST00000360351.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_12017;rn6:m6A_site_104962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 24981863, 27773535, 29109479 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1