| mod ID | m6A_site_546085 | mod Site | chr21:33558745-33558746:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CTATGAAAATCTGGCTTAGAACTCTTCAAGGAATATTCCTT |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.........(((.(((...))).)))..... |
MFE | -0.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 2 | Support sub-Dataset Num | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE102493, GSE83438 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739507, GSM2991403, GSM2991416, GSM2203044, GSM2203047, GSM2203051, GSM2203055, GSM2203059 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | HeLa, Huh7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000356577.9,ENST00000455528.5,ENST00000300278.8,ENST00000421541.1,rmsk_5214717,ENST00000436227.5,ENST00000381692.6,ENST00000381679.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_246408 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29507755, 27773535 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1