| mod ID | m6A_site_548897 | mod Site | chr21:41801052-41801053:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
TCAGCTTAACTCTAGAAGGGACCTCTGGCAGGCCAGAGTTT |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....(((((((.......))))).))..... |
MFE | -4.40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 12 | Support sub-Dataset Num | 45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739507, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM3396437, GSM3396438, GSM3582046, GSM3582048, GSM3582049, GSM3582052, GSM3582054, GSM908337, GSM1135032, GSM1135033, GSM1272366, GSM1272368, GSM1594131, GSM1723349, GSM1723351, GSM2203060, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2417477, GSM2417479, GSM2460350, GSM2460352, GSM2460354, GSM2460356, GSM2460360, GSM2754211, GSM2754213, GSM2754214, GSM2754216, GSM2754220, GSM2754222, GSM2754224, GSM2754226, GSM2754235, GSM2754237, GSM2754238, GSM2754240, GSM2754244, GSM2754246 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, A549, HepG2, H1A, H1B, GM12878, LCLs, Huh7, peripheral-blood, HEK293A-TOA, iSLK, MSC, TIME, TREX |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000447207.6,ENST00000470586.5,ENST00000422911.5,ENST00000447016.6,ENST00000441787.5,ENST00000398548.5,ENST00000433067.5,ENST00000269844.4,ENST00000449395.5,ENST00000486812.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1