| mod ID | m6A_site_562060 | mod Site | chr22:30976555-30976556:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
AATACTGTCATTTTACACTGACTCAGAGCAGCTGACTTCAT |
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| Motif Score | 3.28175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((........))))((((.....)))). |
MFE | -5.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE71154 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM1828594, GSM1828596 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | CD8T, A549 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-CLIP/IP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000647354.1,ENST00000643077.1,ENST00000519077.4,ENST00000643071.1,ENST00000644027.1,ENST00000644773.1,ENST00000643920.1,ENST00000569384.2,ENST00000643553.1,ENST00000646496.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 26404942 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1