| mod ID | m6A_site_571307 | mod Site | chr22:45531297-45531298:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GGTTGAGGAGGAACAAGAGGACCCATATCTGAATGACCGCT |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....((..(....)..))............. |
MFE | -0.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 4 | Support sub-Dataset Num | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739534, GSM2987447, GSM908331, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464913, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464923 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, HepG2, endometrial | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000340923.9,ENST00000327858.11,ENST00000437711.1,ENST00000442170.6,ENST00000262722.11,ENST00000454279.5,ENST00000451475.5,ENST00000402984.7,ENST00000455233.5,ENST00000411478.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_218357;susScr11:m6A_site_95727 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1