| mod ID | m6A_site_60729 | mod Site | chr1:160754083-160754084:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
ACTTGGAGTCAGGCAGTGAGACTGGTGGGGCACGGGGGGCA |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..(((.(.((((...)))).)..)))..... |
MFE | -5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 5 | Support sub-Dataset Num | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM1166142, GSM1594131, GSM1723347, GSM1723349, GSM1723351, GSM1828594, GSM2460360, GSM2460362, GSM2754226 |
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| Cell/Tissue List | U2OS, GM12878, LCLs, CD8T, TREX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MeRIP-seq,m6A-seq,m6A-CLIP/IP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000621377.4,ENST00000458602.6,ENST00000359331.8,ENST00000458104.6,ENST00000441662.6,ENST00000368042.7,ENST00000444090.6,ENST00000484221.1,ENST00000368043.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | panTro5:m6A_site_4995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1