| mod ID | m6A_site_621054 | mod Site | chr3:184327321-184327322:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
ACCGGCTTGATCGTGCGCGGACACCTGCTACCAAGCGGAGC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
((((...(((.((((....))))))))))). |
MFE | -6.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 17 | Support sub-Dataset Num | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2884195, GSM2884197, GSM2987447, GSM2987448, GSM2987449, GSM3083805, GSM3083806, GSM3083809, GSM3083810, GSE129842, GSM908331, GSM1166139, GSM1908206, GSM1908208, GSM1982257, GSM1982263, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203043, GSM2203047, GSM2203051, GSM2203055, GSM2203056, GSM2203059, GSM2203060, GSM2283211, GSM2283213, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2332975, GSM2332990, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464921, GSM2464923, GSM2464927, GSM2564019, GSM2564022 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HepG2, hESC-HEK293T, U2OS, MT4, A549, H1299, MM6, Huh7, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, GSC-11, endometrial, HEC-1-A, NB4 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MAZTER-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000441154.5,ENST00000346169.6,ENST00000342981.8,ENST00000411531.5,ENST00000350481.9,ENST00000434061.6,ENST00000435046.6,ENST00000482303.1,ENST00000442406.5,ENST00000414031.5,ENST00000382330.7,ENST00000352767.7,ENST00000427845.5,ENST00000392537.6,ENST00000424196.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_233915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1