| mod ID | m6A_site_627484 | mod Site | chr4:1739297-1739298:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
AGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTTGTCTCAAAAAAAAAA |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
...........((((((....)))))).... |
MFE | -8.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 4 | Support sub-Dataset Num | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM1339401, GSM2283210, GSM2417477, GSM2417478, GSM2417479, GSM2460360 |
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| Cell/Tissue List |
HEK293T, Jurkat, HEK293A-TOA, TREX |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | rmsk_1221089,ENST00000651251.1,ENST00000652770.1,ENST00000617535.4,ENST00000651817.1,ENST00000313288.9,ENST00000651472.1,ENST00000612220.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1