| mod ID | m6A_site_780260 | mod Site | chr7:140697032-140697033:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GGCCGGAGGGAGAGGGAGAGACTTCGCTGGGCAGATGGGAC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
...((.((((......)))).))........ |
MFE | -4.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 11 | Support sub-Dataset Num | 26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739535, GSM2987448, GSM2987449, GSM3083809, GSM3582046, GSM3582052, GSM3582053, GSM3582054, GSM1982257, GSM2010456, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2332975, GSM2332986, GSM2332988, GSM2460352, GSM2460360, GSM2460362, GSM2754213, GSM2754226, GSM2464905, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464923 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, A549, MM6, peripheral-blood, GSC-11, HEK293T, MSC, TREX, iSLK, endometrial |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000461457.1,ENST00000247866.9,ENST00000464566.5,ENST00000482954.5,ENST00000460088.5,ENST00000464564.6,ENST00000472695.5,ENST00000465506.5,ENST00000476181.5,ENST00000476279.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1