| mod ID | m6A_site_795724 | mod Site | chr8:42322431-42322432:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TAATGAATGAGGATGAGAAGACTGTTGTCCGGCTGCAGGAG |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.....((((((........))))))...... |
MFE | -5.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 3 | Support sub-Dataset Num | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE102493, GSE70299, GSE87190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739507, GSM2991403, GSM1723347, GSM2324298 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, LCLs, peripheral-blood | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000518679.5,ENST00000523105.5,ENST00000629753.1,ENST00000517890.5,ENST00000520810.6,ENST00000520655.5,ENST00000521661.5,ENST00000519938.5,ENST00000520201.5,ENST00000523599.2,ENST00000342222.6,ENST00000649612.2,ENST00000648136.1,ENST00000522147.4,ENST00000522133.1,ENST00000520835.7,ENST00000523517.5,ENST00000416505.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
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| Conserved Sites | panTro5:m6A_site_61816;rheMac8:m6A_site_54766 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29507755, 27773535, 29249359 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
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© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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