| mod ID | m6A_site_798841 | mod Site | chr8:61656409-61656410:- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
GATGCTCCTTTTGCTTCTGGACATCGCCTTGTCTGAAAAAG |
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| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.............(((((......))))).. |
MFE | -4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 5 | Support sub-Dataset Num | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM3396437, GSM3582054, GSM1339429, GSM2203060, GSM2203063, GSM2203064, GSM2754224, GSM2754248 |
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| Cell/Tissue List | HEK293T, A549, Huh7, TIME | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MeRIP-seq,m6A-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000517847.6,ENST00000518068.5,ENST00000356457.9,ENST00000522835.5,ENST00000517903.5,ENST00000445642.6,ENST00000517856.5,ENST00000522349.5,ENST00000379454.9,ENST00000541428.5,ENST00000523927.5,ENST00000519234.5,ENST00000518306.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 1 | Writer Name List | RBM15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
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| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1