| mod ID | m6A_site_809506 | mod Site | chr8:127738350-127738351:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CTACTGCGACGAGGAGGAGAACTTCTACCAGCAGCAGCAGC |
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| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
((....(((((.....)))))....)).... |
MFE | -7.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 13 | Support sub-Dataset Num | 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739522, GSM2739523, GSM2987447, GSM908331, GSM1135020, GSM1135021, GSM1339403, GSM1908210, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2203051, GSM2324298, GSM2332987, GSM2332989, GSM2332990, GSM2460356, GSM2464919, GSM2602070, GSM2602071 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, HepG2, fibroblasts, MT4, MM6, Huh7, peripheral-blood, HEK293T, TIME, endometrial, AML |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq,miCLIP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000377970.6,ENST00000524013.1,ENST00000520751.1,ENST00000259523.10,ENST00000652288.1,ENST00000621592.6,ENST00000517291.1,ENST00000613283.2,ENST00000651626.1,ENST00000652131.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1