| mod ID | m6A_site_814723 | mod Site | chr9:2040249-2040250:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
TAGTGCATTTCATCCCCAGAACTCACTGCTCAGATCAGCCC |
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| Motif Score | 3.37338095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
...........(((......)))........ |
MFE | -0.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 8 | Support sub-Dataset Num | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739535, GSM2991403, GSM2884199, GSM3396437, GSM3396438, GSM1339427, GSM1594131, GSM1828596, GSM2417477, GSM2417478, GSM2417479, GSM2460348, GSM2460350, GSM2460354, GSM2460360, GSM2754238 |
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| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HEK293T, A549, GM12878, HEK293A-TOA, iSLK, MSC, TREX |
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| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq,m6A-CLIP/IP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000349721.8,ENST00000634760.1,ENST00000450198.6,ENST00000636559.1,ENST00000382203.5,ENST00000382194.6,ENST00000637806.1,ENST00000637103.1,ENST00000636903.1,ENST00000357248.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1